En una primera fase (1992-1996), ocupó el cargo de consejero delegado de la entidad, mientras que la presidencia la ocupaba José León Gómez, hombre de su máxima confianza.
Su llegada a la presidencia
El 25 de abril de 1996 fue nombrado Presidente del Real Betis, manteniéndose en ese puesto hasta el 30 junio de 2006, fecha en la que abandonó la presidencia, que volvió a recaer sobre los hombros de José León Gómez.
Cuatro años más tarde, el 7 de julio de 2010, le vendió su paquete mayoritario de acciones a la sociedad «Bitton Sport», representada por Luis Oliver, paralizando dicha venta la jueza Mercedes Alaya, que instruía la querella por delito societario presentada por diversas asociaciones opositoras a Ruiz de Lopera, la cual procedió a trasladar los derechos políticos de las acciones a una administración judicial.
De esa manera, el club entró en una fase de judicialización que no concluyó hasta 2017 cuando se procedió a la firma de los acuerdos, en los que también participó Manuel Ruiz de Lopera, que permitieron que el paquete mayoritario de acciones pudiera estar al alcance de todos los béticos.